В Черноголовке достаточно много больных деревьев, большую часть из которых составляют клёны. С наступлением теплоты их листья покрываются пятнами.
Так же, как и в большинстве городов, окруженных лесом, в Черноголовке актуальна проблема борьбы с короедами, которые наносят непоправимый урон растениям. В городе ведется активная борьба с вредителями. Свою инициативу проявляют учащиеся черноголовских школ. Так, несколько лет назад ученица школы №82 провела исследовательскую работу, по итогам которой на деревьях были установлены ловушки для борьбы с короедами.